Permineralizáció akkor fordul elő, amikor ásványi anyagok rakódnak le a szervezet szöveteinek pórusaiban és tereiben. Ez akkor fordulhat elő, amikor a szervezet még él, vagy azután, hogy meghalt. A lerakódott ásványok jellemzően kalcit, szilícium-dioxid vagy vas-oxid. A permineralizáció segíthet megőrizni a szervezet alakját és szerkezetét, és ellenállóbbá teheti a bomlásokkal szemben.
Csere akkor fordul elő, amikor az ásványi anyagok teljesen helyettesítik a szervezet szerves anyagait. Ez akkor fordulhat elő, amikor a szervezet szöveteit feloldja a talajvíz, és a vízben lévő ásványi anyagok lerakódnak a helyükre. Csere akkor is megtörténhet, amikor a szervezet szöveteit elégetik, így öntőforma vagy öntvény marad, amelyet aztán ásványi anyagokkal töltenek meg.
Mind a permineralizáció, mind a csere rendkívül jól megőrzött kövületeket eredményezhet. A permineralizált kövületek azonban jellemzően részletesebbek, mint a helyettesítő kövületek, mivel többet megőriznek a szervezet eredeti szerkezetéből.