Rizalnak a Fülöp-szigeteken szerzett tapasztalatai, különösen a spanyol gyarmati uralom alatt tapasztalt igazságtalanságok és elnyomás ösztönözték a vágyát, hogy orvos legyen, és képességeit az emberi szenvedések enyhítésére használja. Az egészségügyet úgy képzelte el, mint honfitársai megerősödését és felemelkedését. Ezért elhatározta, hogy Európában tanul orvost, amely akkoriban magas szintű orvosképzéséről volt ismert.
1882-ben Rizal elhagyta a Fülöp-szigeteket Spanyolországba, és beiratkozott az Universidad Central de Madridba, ahol orvostudományt tanult. Spanyolországban töltött ideje alatt különféle kulturális, politikai és értelmiségi körökbe kapcsolódott be. A reformok híve lett, és kiállt a filippínók egyenlősége és jogai mellett.
Míg Európában Rizalnak lehetősége nyílt arra is, hogy sokat utazzon, kitegye magát a különböző kultúráknak, és betekintést nyerjen az akkori társadalmi-politikai tájakba. Külföldi tapasztalatai tovább formálták perspektíváit a társadalmi igazságosságról, a gyarmatosításról és a Fülöp-szigetek függetlenségéért folytatott harcról.
Orvosi tanulmányai befejezése után Rizal 1886-ban visszatért a Fülöp-szigetekre. Szülővárosában, Calambában praktizált orvosi gyakorlattal, és arról vált ismertté, hogy elkötelezetten minőségi egészségügyi ellátást nyújt közösségének. Politikai és reformmozgalmakban való részvétele azonban végül konfliktushoz vezetett a spanyol hatóságokkal, aminek következtében száműzték, majd 1896-ban kivégezték.
Ezért, míg Rizal kezdetben nem hivatásszerűen tanult orvostudományt, orvosi tanulmányait az motiválta, hogy a filippínó népet szolgálja, és tudását társadalmi haladás és reform érdekében hasznosítsa.