A kapszula endoszkópiát jellemzően a hagyományos endoszkópokkal nehezen elérhető vékonybél vizsgálatára használják. Használható olyan állapotok diagnosztizálására, mint például:
- Fekélyek
- Vérzés
- Crohn-betegség
- Cöliákia
- Daganatok
A kapszula endoszkópia a vastagbélrák szűrésére is használható.