A cisztoszkópia általában 5-20 percet vesz igénybe. Az eljárás pontos időtartama azonban olyan tényezőktől függően változhat, mint az eset összetettsége, az egyén mögöttes állapotok és a használt cisztoszkóp típusa. Ezenkívül, ha a cisztoszkópia során biopsziát vagy egyéb kezelést végeznek, ezek meghosszabbíthatják az eljárás teljes időtartamát. Kezelőorvosa pontosabb információkat tud adni a cisztoszkópia várható időtartamáról.
