A magzati műtét minden olyan sebészeti beavatkozás, amelyet a babán a méhben végeznek valamilyen betegség miatti beavatkozásként. Az ilyen műtét helyi vagy általános érzéstelenítésben végezhető. Ennek a folyamatnak az elsődleges célja a születési rendellenességek, például a belső szervek rossz fejlődése vagy a csontváz diszpláziák (csontbetegségek, például achondroplasia) kezelése.
A magzati műtétet számos műszerrel végzik, a bőr eltávolítására szolgáló egyszerű csipesztől a lézerig.
