Míg az orvosok mikroszkópokat használnak diagnosztikai eljárásaik részeként, nem csak rájuk hagyatkoznak annak megállapítása során, hogy valaki egészséges-e. A mikroszkópia egy olyan eszköz, amely lehetővé teszi az orvosok számára a testből vett minták, például vér-, vizelet- vagy szövetbiopsziák mikroszkópos szintű vizsgálatát. Segíthet azonosítani a mikroorganizmusok, például baktériumok, vírusok vagy paraziták jelenlétét, valamint a kóros sejteket vagy más szerkezeti változásokat, amelyek betegségekre vagy állapotokra utalhatnak.
Ezenkívül az orvosok gyakran kombinálják a mikroszkópos megfigyeléseket más diagnosztikai módszerekkel, például vérvizsgálatokkal, képalkotó technikákkal és a beteg kórtörténetével, hogy megalapozott következtetéseket vonjanak le egy személy egészségi állapotáról. A különböző információforrások integrálásával az orvosok pontos diagnózist és megfelelő kezelést tudnak biztosítani pácienseik számára.