A nemi diszfória prevalenciája a vizsgált populációtól és a diagnózishoz használt kritériumoktól függően változik. A Journal of the American Medical Association Psychiatry folyóiratban megjelent 2016-os tanulmány szerint a nemi diszfória becsült előfordulása a felnőttek körében az Egyesült Államokban 0,6%, azaz körülbelül 1,4 millió ember. Fontos azonban megjegyezni, hogy ebben a tanulmányban csak olyan személyek vettek részt, akik nemi diszfória miatt kértek kezelést, így a tényleges előfordulás magasabb lehet.
Más tanulmányok hasonló arányt találtak a nemi diszfóriában a serdülők és a gyermekek körében. A Pediatrics folyóiratban megjelent 2017-es tanulmány kimutatta, hogy a nemi diszfória prevalenciája a transznemű serdülők körében 1,8%, vagyis körülbelül 150 000 embernél az Egyesült Államokban.
Fontos megjegyezni, hogy ezek a becslések saját maguk által jelentett adatokon alapulnak, amelyek torzításnak és aluljelentésnek lehetnek kitéve. Ezenkívül a nemi diszfória gyakorisága eltérő lehet a különböző kultúrákban, országokban és időszakokban.