1. Hamis pozitív eredmények: A szűrővizsgálatok időnként hamis pozitív eredményeket produkálhatnak, jelezve, hogy a csecsemőnek van egy állapota, amikor nem. Ez szükségtelen szorongást okozhat a szülőkben, és további vizsgálatokhoz vagy kezelésekhez vezethet, amelyekre nincs szükség.
2. Hamis negatívok: A szűrővizsgálatok hamis negatív eredményeket is produkálhatnak, jelezve, hogy a csecsemőnek nincs olyan állapota, amikor valójában vannak. Ez késleltetheti a diagnózist és a kezelést, ami súlyos következményekkel járhat a baba egészségére nézve.
3. Költség: Az újszülött szűrőprogramok megvalósítása és fenntartása költséges lehet. A szűrővizsgálatok, az utóvizsgálatok és a megerősített állapotú csecsemők kezelésének költségei gyorsan összeadódnak.
4. Etikai megfontolások: Vannak, akiknek etikai aggályai vannak az újszülöttek szűrésével kapcsolatban, különösen, ha genetikai vizsgálatról van szó. Azzal érvelnek, hogy a genetikai információ magánjellegű, és nem szabad gyűjteni a vizsgált személy beleegyezése nélkül.
5. Korlátozott hatókör: Az újszülött szűrőprogramok jellemzően csak korlátozott számú állapotot tesztelnek. Ez azt jelenti, hogy más súlyos állapotokat nem lehet kimutatni az újszülöttek szűrésével.
E hátrányok ellenére az újszülöttek szűrőprogramjait általában jótékony hatásúnak tartják a közegészségügy szempontjából. A súlyos állapotok korai felismerésének és kezelésének előnyei meghaladják a program kockázatait és költségeit.