A fertőtlenítés egy olyan folyamat, amelynek során szinte az összes kórokozó mikroorganizmust eltávolítják az élettelen tárgyakról és felületekről, kivéve a bakteriális spórákat. A fertőtlenítés nem feltétlenül pusztít el minden mikroorganizmust, különösen a rezisztens baktériumspórákat; kevésbé alapos, mint az ivartalanítás, amelynek célja az élet minden típusának elpusztítása. Számos fertőtlenítési módszer hatékony a legtöbb felismert kórokozó ellen, de kudarcot vallanak egyes mikroorganizmusok, például a prionok ellen.
A fertőtlenítés példái közé tartozik a forrásban lévő víz, alkohol, UV-fény és vegyi anyagok, például fehérítő. Ellentétben a sterilizációs eljárásokkal elért mikroorganizmusok teljes eliminációjával, a fertőtlenítés általában nem hatékony a baktériumspórák ellen.
