A bubópestisre bubók képződése jellemző, amelyek duzzadt nyirokcsomók. A bubosok általában a hónaljban, az ágyékban vagy a nyakban találhatók. A bubópestis egyéb tünetei közé tartozik a láz, a hidegrázás és a gyengeség. Ha a pestisbaktérium bejut a véráramba, akkor szeptikus pestist okozhat, amely a betegség nagyon súlyos formája. A szeptikus pestis szervi elégtelenséghez és halálhoz vezethet.
A bubópestis a történelem során számos járványért volt felelős. E járványok közül a leghíresebb a fekete halál volt, amely becslések szerint 75-200 millió ember halálát okozta a 14. században. A bubópestis ma is veszélyt jelent, de az antibiotikumok fejlődésének köszönhetően ma már ritka.