* Tüdő
* Légutak (hörgők, hörgők)
Idegrendszer:
* Agy
* Agyhártya (az agy és a gerincvelő védőburkolata)
Szív- és érrendszer:
* Szív
* Vérerek
Izom-csontrendszer:
* Izmok
* Ízületek
Gemésztőrendszer:
* Nyelőcső
* Gyomor
* Belek
Genitourináris rendszer:
* Vesék
* Hólyag
* Reproduktív szervek
Bőr:
* Kiütést okozhat
Szemek:
* Kötőhártya-gyulladás (pinkeye)
Súlyos esetekben a H1N1 vírus életveszélyes szövődményekhez vezethet, például tüdőgyulladáshoz, akut légzési distressz szindrómához (ARDS), szepszishez és többszervi elégtelenséghez.