Az encephalitikus stádiumban a központi idegrendszert érintő gyulladásos válasz lép fel. A vírusról ismert, hogy affinitást mutat az idegszövethez és az agy neurotranszmitter receptoraihoz, ami oka lehet a gyulladásnak és a betegség klinikai tüneteinek.
A hidrofóbia vagy a víztől való idegenkedés annak a jele, hogy az emberi idegrendszer károsodott. A fertőzött személynek gyakran nyelési nehézségei vannak a torokban és a légutakban fellépő heves izomgörcsök miatt. Ezek a görcsök olyan ingerekre válaszul jelentkeznek, mint például a vízivás kísérlete, ezért úgy néz ki, mint egy hidrofóbia (víztől való félelem), holott a valóságban reflexreakció, ha bármit lenyelünk.