Általában, ha a fekélyt korán észlelik és azonnal kezelik, a kórházi tartózkodás viszonylag rövid lehet, jellemzően néhány naptól egy hétig tart. Ez idő alatt az egyén orvosi kezelésben részesül a vérzés megállítására, a fájdalom kezelésére és a fertőzés megelőzésére.
Ha azonban a fekély jelentős károsodást vagy szövődményeket, például perforációt (lyuk a gyomorfalban) vagy szepszist (súlyos fertőzés) okozott, a kórházi tartózkodás hosszabb lehet, és több hétig vagy akár hónapig is eltarthat. Ezekben az esetekben az egyén műtétet igényelhet a károsodás helyreállítása és a szövődmények kezelése érdekében. A műtét utáni felépülési időszak is hosszadalmas lehet, és további kórházi időre lehet szükség a szoros megfigyeléshez és a műtét utáni ellátáshoz.
A gyomorfekély tüneteit, például hasi fájdalmat, gyomorégést, hányingert vagy hányást tapasztaló egyének számára fontos, hogy azonnal forduljanak orvoshoz, hogy megakadályozzák a fekély felrobbanását és esetlegesen hosszabb kórházi tartózkodást.