A pajzsmirigy-cisztákban található folyadék jellemzően átlátszó vagy szalmaszínű folyadék, amely lehet vékony és vizes, vagy vastagabb és viszkózusabb. Néha barnás vagy vöröses árnyalatú lehet a vér vagy a hemosziderin (a hemoglobin bomlásterméke) jelenléte miatt. A folyadék fehérjét, koleszterint és más sejtkomponenseket is tartalmazhat. Egyes esetekben a ciszta folyadék zavaros vagy zavaros lehet a gyulladásos sejtek vagy törmelék jelenléte miatt.