A londoni nagy tűzvész valójában negatív hatással volt a pestisre. A tűz sok fertőzött épületet elpusztított, és sok fertőzött ember életét vesztette, de ideális feltételeket teremtett a pestis terjedéséhez is. A tűz hajléktalan túlélői túlzsúfolt és egészségtelen körülmények között kényszerültek élni, ami fogékonyabbá tette őket a betegségre. Ezenkívül a tűz megzavarta a város infrastruktúráját, megnehezítve az élelmiszer- és vízelosztást, valamint a betegség terjedésének megfékezését. Ennek eredményeként a pestis a tűz után több hónapig tovább terjedt Londonban.
