A 16. századi spanyol hódítókkal való érintkezés után az Inka Birodalom maradványait pusztító betegségek közé tartozik a himlő, a kanyaró, az influenza, a tífusz és a sárgaláz. Ezek a betegségek pusztító hatást gyakoroltak a bennszülött lakosságra, mivel szinte nem voltak korábban kitéve ezeknek a betegségeknek, és ezért csekély természetes immunitásuk volt.
