Autoimmun betegségek esetén az immunrendszer tévedésből a szervezet saját szöveteit támadja meg. Ez gyulladáshoz és különböző szervek és szövetek károsodásához vezethet. Az autoimmun betegségek közé tartoznak az olyan állapotok, mint a rheumatoid arthritis, a lupus és a sclerosis multiplex.
Ezért az allergiás reakciók és az autoimmun betegségek az immunrendszer különálló válaszai. Bár mindkettő immunválaszt foglal magában, különböznek az immuntámadás célpontjában (idegen anyagok vs. önszövetek), valamint az ebből eredő tünetekben és állapotokban.