Nem minden antigén immunogén. Az immunogén olyan antigén, amely képes immunválaszt kiváltani, míg az antigén minden olyan anyag, amelyet az immunrendszer felismer. Egyes antigének nem immunogének, vagy azért, mert az immunrendszer nem képes feldolgozni őket, vagy azért, mert nem tartalmazzák az immunválasz kiváltásához szükséges molekuláris struktúrákat. Például egyes poliszacharidok antigének, de nem immunogének, míg egyes fehérjék antigének és immunogének is.
