A H1N1 vakcina legtöbb mellékhatása enyhe, például fájdalom, bőrpír vagy duzzanat az injekció beadásának helyén, enyhe láz, fejfájás, izomfájdalmak, fáradtság és hányinger. Ezek általában néhány napig tartanak. A súlyosabb mellékhatások, mint például a Guillain-Barré-szindróma, nagyon ritkák.
