1)
A vírus gyorsan mutálódik. A HIV nagyon magas mutációs rátával rendelkezik, ami azt jelenti, hogy gyorsan megváltoztathatja megjelenését, hogy elkerülje az immunrendszert. Ez megnehezíti a tudósok számára olyan oltóanyag kifejlesztését, amely a HIV összes különböző törzsét megcélozza.
2) A vírus elbújhat az immunrendszer elől. A HIV magát az immunrendszer sejtjeit is megfertőzheti, megnehezítve a szervezet számára a hatékony válaszadást. A vírus olyan fehérjéket is termelhet, amelyek megzavarják az immunrendszer működését.