Ekkor kezdenek megjelenni a betegség tünetei. A tünetek enyhék vagy súlyosak lehetnek, és a betegség típusától függően változhatnak. Egyes esetekben a tünetek olyan enyhék lehetnek, hogy észre sem veszik őket. Más esetekben a tünetek súlyosak és legyengítőek lehetnek.
A betegség klinikai stádiuma hetekig, hónapokig vagy akár évekig is eltarthat. Egyes esetekben a betegség előrehaladottabb stádiumba léphet, míg más esetekben stabil marad, vagy akár remisszióba is mehet.
A klinikai stádiumban lévő betegség kezelése a betegség típusától és a tünetek súlyosságától függően változik. Egyes esetekben a kezelés nem feltétlenül szükséges. Más esetekben a kezelés magában foglalhat gyógyszeres kezelést, műtétet vagy életmódbeli változtatásokat.