A zárt emésztőrendszer fő előnye, hogy segít megelőzni a káros anyagok szervezetbe jutását. Ennek az az oka, hogy az élelmiszer csak egy ponton (a szájba) kerül a rendszerbe, és nem tud kijutni addig, amíg át nem haladt a teljes emésztőrendszeren, és hulladékként nem távozik el.
Ezzel szemben egyes állatok emésztőrendszere nyitott, amelyben az emésztőrendszer nem egy folyamatos cső. Ehelyett az egyik végén nyitva van, általában a végbélnyíláson, és ezen a nyíláson keresztül juthat be és távozhat az étel a rendszerből. Az ilyen típusú emésztőrendszer hatékonyabban vonhatja ki a tápanyagokat az élelmiszerekből, de nagyobb a káros anyagokkal való szennyeződés kockázata is.
Zárt emésztőrendszer minden gerincesben megtalálható, valamint néhány gerinctelenben is, például egyes puhatestűekben és ízeltlábúakban.