Az ABPA jellemzően krónikus, visszaeső lefolyást követ, váltakozó exacerbációkkal és remissziókkal. Az ABPA-ban szenvedő betegek prognózisa általában kedvező. A betegek többsége jól reagál a szisztémás kortikoszteroid-kezelésre, és hosszú távú remissziót érhet el. Néhány beteg azonban ismétlődő exacerbációt tapasztalhat, vagy krónikus tüdőkárosodás alakulhat ki, ami idővel a tüdőfunkció csökkenéséhez vezethet. Ritka esetekben az ABPA végstádiumú tüdőbetegséggé és légzési elégtelenséggé fejlődhet, ami tüdőtranszplantációt tesz szükségessé.
