A szamárköhögés eredetét ősinek tartják, de pontos eredete nem ismert. Úgy gondolják, hogy már az 1. század előtt széles körben elterjedt Európában és Ázsiában. A szamárköhögésről szóló legkorábbi írásos emlék egy 6. századi kínai orvosi szövegben található. A 16. század folyamán Amerikában megjelent a szamárköhögés, amelyet valószínűleg európai felfedezők és gyarmatosítók hoztak. A "szamárköhögés" kifejezés először 1658-ban jelenik meg angolul, a betegséget okozó baktériumot, a *Bordetella pertussist* pedig Jules Bordet francia bakteriológus és kollégája, Octave Gengou azonosította 1906-ban.
