Íme néhány fő különbség a HCPCS-módosítók és a CPT-módosítók között:
1) A HCPCS módosítók inkább az egészségügyi szolgáltatásokra és eljárásokra vonatkoznak. Például létezik egy speciális HCPCS módosító a "járóbeteg-kórházi ellátás"-ra (-22-es módosító), míg a megfelelő CPT-módosító a "járóbeteg-kórházi ellátásra" általánosabb (-52-es módosító).
2) A HCPCS módosítókat nem használják olyan széles körben, mint a CPT módosítókat. A CPT módosítókat számos egészségügyi szolgáltatáshoz és eljáráshoz használják, míg a HCPCS módosítókat csak bizonyos, a HCPCS-re jellemző egészségügyi szolgáltatásokhoz és eljárásokhoz.
3) A HCPCS módosítókat nem mindig ismeri fel minden fizető. Előfordulhat, hogy egyes fizetők nem ismerik fel a HCPCS módosítókat, ami a követelések elutasításához vezethet. Fontos, hogy a HCPCS módosító használata előtt egyeztessen fizetőjével, hogy megbizonyosodjon arról, hogy a rendszer felismeri.