Általánosságban elmondható, hogy a boncolási jelentések orvosi feljegyzésnek minősülnek, és ugyanazok a megőrzési követelmények vonatkoznak rájuk, mint a többi egészségügyi információra. Sok kórház és egészségügyi intézmény követi az Amerikai Egészségügyi Információkezelő Szövetség (AHIMA) irányelveit vagy más vonatkozó iparági szabványokat az iratok megőrzési időszakának meghatározásakor.
Az AHIMA irányelvei szerint a boncolási jegyzőkönyveket legalább 10 évig meg kell őrizni a boncolás időpontjától vagy a beteg halálától számítva, attól függően, hogy melyik következik be. Egyes joghatóságok eltérő követelményeket támasztanak, ezért fontos, hogy a kórházak konzultáljanak jogi tanácsadóval, és betartsák a helyi előírásokat.
A megőrzési időszakon kívül a kórházaknak szabályzatuk is lehet a boncolási jegyzőkönyvek tárolására, hozzáférésére és megsemmisítésére vonatkozóan. Például a boncolási jelentéseket biztonságos helyen tárolhatják, korlátozott hozzáféréssel az elhunyt magánéletének védelme érdekében. A kórházakban a megőrzési időszak lejárta után is létezhetnek eljárások a boncolási jegyzőkönyvek megsemmisítésére vagy azonosításának megszüntetésére.