Raffaello halálának oka bizonytalan, de általában úgy tartják, hogy lázban halt meg. 1520-ban egy intenzív vatikáni munka után megbetegedett. 1520. április 6-án halt meg, 37 évesen. Egyesek úgy vélik, hogy kimerültségben halt meg, míg mások úgy vélik, hogy megmérgezték. Egyik elméletet sem támasztja alá végleges bizonyíték.
