Antigénsodródás:Egyes vírusok, például az influenzavírusok, antigénsodródásnak nevezett folyamaton mennek keresztül, ahol idővel apró mutációk halmozódnak fel génjeikben. Ezek a mutációk a vírusfehérjék szerkezetének megváltozásához vezethetnek, különösen azokban a felszíni fehérjékben, amelyeket az immunrendszer felismer. Ennek eredményeként a korábbi fertőzés vagy oltás által termelt antitestek kevésbé hatékonyak a vírus új változatainak semlegesítésében.
Antigéneltolódás:Az antigéneltolódás mellett egyes vírusok, például az influenza A vírusok drasztikusabb változáson eshetnek át, amelyet antigéneltolódásnak neveznek. Ez akkor fordul elő, amikor a vírus két különböző törzse genetikai anyagot cserél, ami egy új törzset eredményez jelentősen eltérő felületi fehérjékkel. Az antigéneltolódás teljesen új vírusaltípusok megjelenéséhez vezethet, amelyeket az immunrendszer nem hajlandó felismerni.
Immunszökés:Egyes vírusok olyan mechanizmusokat fejlesztettek ki, amelyek segítségével elkerülhető az immunrendszer válasza. Például a HIV, az AIDS-et okozó vírus gyorsan képes mutáltatni felszíni fehérjéit, hogy elkerülje az antitestek általi felismerést. Ez az állandó genetikai variáció nehézzé teszi olyan vakcina kifejlesztését, amely hosszan tartó immunitást válthat ki a vírus ellen.
Gyógyszerrezisztens változatok kiválasztása:Bizonyos esetekben a vírusfertőzések kezelésére használt vírusellenes szerek is hozzájárulhatnak a gyógyszerrezisztens vírusváltozatok megjelenéséhez. Amikor egy vírus vírusellenes gyógyszerek jelenlétében replikálódik, olyan mutációk léphetnek fel, amelyek rezisztenciát okoznak a gyógyszerrel szemben, és dominánssá válhatnak. Ez a kezelés sikertelenségéhez vezethet, és tovább bonyolítja a hatékony vakcinák kifejlesztését.
E kihívások ellenére a folyamatos kutatás és a technológiai fejlődés lehetővé tette számos vírus elleni hatékony vakcinák kifejlesztését. A tudósok különféle stratégiákat alkalmaznak a genetikai variációk kezelésére, például széles spektrumú vakcinákat fejlesztenek ki, amelyek különböző vírustörzsek konzervált régióit célozzák meg, vagy genetikai szekvenálást alkalmaznak a vírus evolúciójának nyomon követésére és előrejelzésére. Ezenkívül az mRNS-alapú vakcinák, amelyek közvetlenül kódolják a vírusfehérjéket, lehetőséget kínálnak a gyors fejlődésre és az új vírusváltozatokhoz való alkalmazkodásra.