Az endokrin rendszer szorosan együttműködik a reproduktív rendszerrel a szexuális fejlődés, a menstruációs ciklus, a terhesség és a menopauza szabályozásában. A hipotalamusz és az agyalapi mirigy, amelyek hormonokat bocsátanak ki, döntő szerepet játszanak más reproduktív hormonok, köztük az ösztrogén, a progeszteron, a tesztoszteron és a tüszők felszabadulásának szabályozásában.