A fertőző betegség látens szakasza különbözik a patogén stádiumtól. A látens stádium a fertőzés során egy olyan fázisra utal, amikor a kórokozó megmarad a gazdaszervezetben, de nem okoz aktív tüneteket vagy betegségjeleket. A kórokozó alvó vagy nyugalmi állapotban marad a gazdaszervezetben, és gyakran hosszú távú, tünetmentes fertőzést hoz létre. Ebben a szakaszban az egyén egészségesnek tűnhet, és nem tudja, hogy hordozza a kórokozót.
Ezzel szemben a patogén szakasz a fertőzésnek az a fázisa, amikor a kórokozó aktívan okozza a betegség tüneteit és klinikai megnyilvánulásait. Ezt a szakaszt a fertőzéshez kapcsolódó jelek és tünetek jelenléte jellemzi, mivel a kórokozó elszaporodik, és kölcsönhatásba lép a gazdaszervezet immunrendszerével. A kórokozó stádiuma változó súlyosságú lehet, az enyhétől a súlyos tünetekig, időtartama a konkrét fertőző ágenstől, a gazdatényezőktől és az immunválasz hatékonyságától függ.
Például a herpes simplex vírus (HSV) esetében a kezdeti fertőzés után a vírus egy látens stádiumba léphet, ahol alvó állapotban marad az érzőideg ganglionokban. Ezalatt az egyén nem tapasztalhat semmilyen tünetet. A vírus időszakos újraaktiválása azonban a patogén stádiumhoz vezethet, ami herpesz vagy genitális herpesz kialakulásához vezethet, amelyet fájdalmas hólyagok és elváltozások jellemeznek.
A látens és a patogén stádiumok közötti különbségtétel fontos a fertőző betegségek dinamikájának és perzisztenciájának megértésében, valamint a megelőzési, diagnosztikai és kezelési stratégiák kidolgozásában.