A trópusi betegségek pusztító hatást gyakoroltak a Kubában tartózkodó spanyol erőkre. A sárgaláz, a malária, a dengue-láz és más betegségek több ezer katonát öltek meg, és sokakat tettek harcképtelenné. A spanyol katonák magas halálozási aránya munkaerőhiányhoz vezetett, ami viszont megnehezítette a spanyolok számára a sziget feletti ellenőrzés megőrzését. Emellett a betegségek a helyi kubai lakosságra is átterjedtek, széles körben elterjedt halált és szenvedést okozva.