Ahogy egyre több mikroorganizmust fedeztek fel és kapcsoltak bizonyos betegségekhez, széles körben elfogadottá vált az az elképzelés, hogy a baktériumok betegségeket okoznak. Ez olyan higiéniai és higiéniai gyakorlatok kifejlesztéséhez vezetett, mint például a kézmosás, a sebek befedése és a víz forralása, ami segített csökkenteni a betegségek előfordulását.
A 20. század elején az antibiotikumok, például a penicillin kifejlesztése tovább erősítette a mikroorganizmusok és a betegségek közötti kapcsolatot. Az antibiotikumok úgy hatnak, hogy elpusztítják vagy gátolják a baktériumok növekedését, és használatuk hihetetlenül sikeres volt a bakteriális fertőzések kezelésében.
Mindezen bizonyítékok ellenére egyesek még mindig úgy vélik, hogy nem a mikroorganizmusok okozzák a betegségeket. Ez a meggyőződés gyakran a tudomány félreértésén, vagy az alternatív magyarázatok preferálásán alapul, például azon a meggyőződésen, hogy a betegséget stressz vagy más életmódbeli tényezők okozzák.
Összefoglalva, a mikroorganizmusok és a betegségek közötti összefüggést évszázados tudományos bizonyítékok támasztják alá. Bár még mindig vannak, akik megkérdőjelezik ezt az összefüggést, a tudósok elsöprő konszenzusa az, hogy a mikroorganizmusok számos betegség okozói.