Egészség és a Betegség
Ezek a technikák a genom különböző régiói közötti fizikai kölcsönhatások gyakoriságát mérik, betekintést nyújtva a magasabb rendű kromatin szerkezetébe és a hosszú távú szabályozó kölcsönhatásokba. Íme néhány gyakran használt Hi-C és kapcsolódó technika:
1. Hi-C (nagy áteresztőképességű kromatin konformáció rögzítése):
Ez az eredeti és legszélesebb körben használt Hi-C technika. Ez magában foglalja a kölcsönhatásban lévő kromatin szegmensek térhálósítását, a DNS fragmentálását, majd a DNS-fragmensek összekapcsolását. A ligált fragmenseket ezután szekvenálják, és a kapott adatokat egy genomszintű interakciós térkép létrehozására használják fel.
2. 5C (Circular kromoszóma konformáció rögzítése):
Ez a technika hasonló a Hi-C-hez, de más könyvtár-előkészítési módszert használ, amely cirkuláris DNS-fragmenseket eredményez. A cirkularizáció lehetővé teszi a hosszú távú kölcsönhatások hatékonyabb rögzítését, és nagyobb felbontású adatokat szolgáltathat a genom bizonyos régióiban.
3. ChIA-PET (kromatin interakciós elemzés páros végű címkeszekvenálás segítségével):
Ez a technika a kromatin immunprecipitációt (ChIP) kombinálja a Hi-C-vel, hogy azonosítsa a specifikus fehérjékkel vagy hisztonmódosításokkal kapcsolatos hosszú távú kölcsönhatásokat. Használható specifikus transzkripciós faktorok vagy más szabályozó fehérjék és azok célgénjei közötti kölcsönhatások feltérképezésére.
4. PLAC-seq (proximity ligation-assisted kromatin szekvenálás):
Ez a technika proximity ligálást alkalmaz a kölcsönható DNS-fragmensek befogására a szekvenálás előtt. A hagyományos Hi-C módszerekhez képest nagyobb felbontásban teszi lehetővé az interakciók detektálását, és információt tud adni a kölcsönhatásban lévő szekvenciák orientációjáról.
5. Hi-C rögzítése:
Ez a technika biotinilált RNS-próbákat alkalmaz, hogy dúsítsa a kölcsönhatásokat a kérdéses genomiális régiók között. A specifikus lókuszokat megcélzó próbák tervezésével a Capture Hi-C lehetővé teszi a genomi kölcsönhatások célzott elemzését régióspecifikus módon.
Ezen technikák mindegyike értékes információkat nyújt a genom háromdimenziós szerveződéséről, és hozzájárult a génszabályozás, a kromatin dinamika és a nukleáris architektúra megértéséhez. A technika megválasztása gyakran az adott kutatási kérdéstől és a kívánt felbontási és térképezhetőségi szinttől függ.