Amikor a HIV bejut a szervezetbe, megfertőzi és elpusztítja ezeket a létfontosságú T-sejteket, csökkentve a szervezet védekezőképességét számos fertőzéssel szemben. A fertőzés előrehaladtával a HIV olyan mértékben károsíthatja az immunrendszert, hogy a szervezet még a kisebb fertőzések és betegségek ellen sem képes hatékonyan felvenni a harcot, így az egyén sebezhetővé válik számos betegséggel szemben, amelyek közül néhány akár életveszélyes is lehet.
A HIV idővel gyengíti az immunrendszert, ami a szerzett immunhiányos szindrómának (AIDS) nevezett állapothoz vezet. Az AIDS a HIV-fertőzés legfejlettebb stádiuma, és akkor fordul elő, amikor az immunrendszer erősen legyengül, és már nem tudja hatékonyan megvédeni a szervezetet az opportunista fertőzésekkel és bizonyos ráktípusokkal szemben.