A fekete pestis egyik legjelentősebb hosszú távú hatása az általa okozott munkaerőhiány volt. Mivel sok ember meghalt, nem volt elég munkavállaló a gazdaság működéséhez szükséges állások betöltésére. Ez a bérek növekedéséhez és a feudális urak hatalmának csökkenéséhez vezetett. Ez a hatalomváltás hozzájárult a kereskedői osztály felemelkedéséhez és a feudális rendszer végső hanyatlásához.
A fekete pestis komoly hatással volt az orvostudomány és a közegészségügy fejlődésére is. A betegség terjedésének megértésének és ellenőrzésének szükségessége az orvosi ismeretek és gyakorlatok fejlődéséhez vezetett. Ez pedig hozzájárult a modern közegészségügyi rendszerek kifejlesztéséhez és a higiéniai gyakorlatok javításához.
Ezenkívül a fekete pestis jelentős hatással volt a vallási és kulturális meggyőződésekre. A pestis által okozott széles körben elterjedt halál és szenvedés sok embert késztetett arra, hogy megkérdőjelezze vallási meggyőződését és Isten természetét. Ez hozzájárult a katolikus egyház hatalmának hanyatlásához és új vallási mozgalmak megjelenéséhez.
A fekete pestis pusztító esemény volt, amely mély hatást gyakorolt az európai társadalomra. Mindazonáltal fontos figyelembe venni a pestis hosszú távú hatásait, és azt, hogy milyen módon formálta Európát a következő évszázadokban. Bár nem lehet biztosan megmondani, hogy Európa jobb vagy rosszabb helyzetben lenne a fekete pestis nélkül, egyértelmű, hogy a pestis jelentős fordulópont volt az európai történelemben.