Hemangiomák előfordulhatnak a belső szervekben, de sokkal ritkábban fordulnak elő, mint a bőr (bőr) hemangiómák. Ezek érinthetik a májat, a lépet, a tüdőt, az agyat és más szerveket. A belső hemangiómák súlyos klinikai megnyilvánulásokat okozhatnak elhelyezkedésüktől és méretüktől függően. Az elváltozás helyétől és méretétől függően funkcionális károsodást, vérzést, trombózist, a szomszédos struktúrák összenyomódását és egyéb tüneteket okozhatnak.
