Pontosabban, a spanyol influenza vírusa a II-es típusú pneumocitákra irányul, amelyek fontosak a felületaktív anyag előállításához, amely anyag segíti a tüdő megfelelő kiterjedését és összehúzódását. Ezeknek a pneumocitáknak a fertőzése és elpusztulása megzavarja az oxigén és a szén-dioxid normál cseréjét, ami légzési nehézségekhez és potenciálisan életveszélyes szövődményekhez vezet.
A légúti sejteken kívül a spanyolnátha vírusa más szervrendszereket is érinthet, bár kisebb mértékben. Egyes esetekben a vírus szisztémás érintettséget okoz, ami olyan szervek károsodásához vezetett, mint a szív, a vesék és az agy.