Az allergiák nem minősülnek autoimmun betegségeknek, mivel nem érintik az immunrendszert, amely megtámadja a szervezet saját szöveteit. Autoimmun betegségek akkor fordulnak elő, amikor az immunrendszer tévesen idegenként azonosítja az egészséges sejteket, és támadást intéz ellenük. Allergia viszont akkor fordul elő, ha az immunrendszer túlzottan reagál a környezetben lévő ártalmatlan anyagokra, például pollenre, porra vagy bizonyos élelmiszerekre. Míg az allergia jelentős tüneteket és kellemetlenséget okozhat, az immunrendszer nem támadja meg a szervezet saját szöveteit, ami az autoimmun betegségek meghatározó jellemzője.
