A gyomorban található enzimet, amely segíti a fehérjék emésztését, pepszinnek nevezik. A pepszin pepszinogén formájában választódik ki, amely inaktív, majd a gyomor savas környezetében sósav hatására aktiválódik. A pepszin savas körülmények között fejti ki legjobban a hatását, és a fehérjéket kisebb peptidfragmensekre bontja, előkészítve azokat a vékonybélben lévő egyéb enzimek általi további emésztésre.