A menstruációs vér elhomályosíthatja a vastag- és végbél területeit, ami megnehezíti az orvos számára a kóros szövetek, például gyulladások, fekélyek vagy polipok észlelését. Ez növelheti a potenciális problémák hiányának vagy a hibás állapotok diagnosztizálásának kockázatát. Ezen túlmenően a menstruációs vér jelenléte felhígíthatja vagy kimoshatja az eljárás során használt készítményből származó folyadékokat, ami rontja a vizsgálat minőségét.
Ezen túlmenően, néhány nő a menstruációs ciklusa során hasi kényelmetlenséget és görcsöket tapasztal, ami megnehezítheti az eljárás elviselését.
Ezen okok miatt általában ajánlott elkerülni a kolonoszkópiát a menstruációs ciklus alatt, ha lehetséges. A kolonoszkópia beütemezésének legjobb ideje általában a menstruációs ciklus vége és a következő kezdete előtti hét között van.