A malária eredete nem teljesen tisztázott, de úgy vélik, hogy a szubszaharai Afrikából származik. A malária parazitáira utaló bizonyítékot találtak megkövesedett szúnyogokban, amelyek a miocén korszakból származnak, körülbelül 20 millió évvel ezelőtt. Ezeket a kövületeket a Dominikai Köztársaságban fedezték fel, és arra utalnak, hogy a malária már az emberek érkezése előtt is jelen lehetett Amerikában. A malária pontos földrajzi eredete azonban továbbra is bizonytalan.
