Guanidin nem általánosan felírt gyógyszer. Korlátozottan alkalmazható a myasthenia gravis, egy ritka, izomgyengeséggel jellemezhető neuromuszkuláris rendellenesség kezelésében.
Ebben az esetben a guanidin-hidrokloridot korábban myasthenia gravisban próbálták ki, de más, hatékonyabb terápia (például Mestinon) váltotta fel.