Ezenkívül a bázispárosítási szabályok eltérőek lennének, ha a purinok csak pirimidinekekkel párosulnának. A Watson-Crick bázispárok helyett, amelyek A-T és G-C, A-C és G-T párok lennének. Ezek a párok nem lennének olyan stabilak, mint a Watson-Crick párok, és nagyobb valószínűséggel szakadnának szét. Így a DNS kevésbé lesz stabil, és hajlamosabb lesz a mutációkra.
Összességében a nukleotidláncok dezoxiribóz cukor-foszfát gerince egészen másképp nézne ki, ha a purinok csak pirimidinekkel, és a pirimidinek csak pirimidinekekkel párosulnának. A nukleotidláncok egyenetlenek, a bázispárosítási szabályok eltérőek lennének, és a DNS kevésbé stabil lenne.