E szabály alól azonban vannak kivételek. Egyes kifejezések elsődleges hangsúlya a végső szótagon van, amelyet végső szótagnak neveznek. Például a "peritonItis" kifejezés a harmadik szótagot, az "Itis" hangsúlyozza.
Ezenkívül egyes kifejezések másodlagos hangsúlyt helyeznek az utolsó előtti vagy végső szótagtól eltérő szótagokra. Ezeket általában kevésbé hangsúlyos hangsúlyozással jelzik. Például az „esophAgUs” kifejezésben van egy másodlagos hangsúly az „es” első szótagon.