A kibocsátott jel erőssége a szövetben lévő protonok sűrűségétől függ. Ez lehetővé teszi az MRI számára, hogy képeket készítsen a testről a protonok különböző szövetekben való eloszlása alapján. Például a vízben gazdag szövetek, például a vér és az agy-gerincvelői folyadék fényesnek tűnnek az MRI-felvételeken, míg a zsírban gazdag szövetek, például a csontok és az izmok sötétnek tűnnek.
Az MRI egy sokoldalú képalkotó technika, amely a testben található szövetek és szervek széles skálájának vizsgálatára használható. Különösen hasznos a lágy szövetek, például az agy, a szív és a vesék képalkotásánál. Az MRI-t számos egészségügyi állapot diagnosztizálására és monitorozására is használják, beleértve a rákot, a stroke-ot és a szívbetegségeket.