Hígítás és hatásosság: A homeopátiás szerek erősen hígítottak, gyakran olyan mértékben, hogy gyakorlatilag nem maradnak eredeti anyagmolekulák. Ez az extrém hígítás megnehezíti bármely specifikus hatóanyag kimutatását vagy a gyógymód hatásának hagyományos tudományos módszerekkel történő tanulmányozását.
Placebo-effektus: A homeopátia szubjektív tapasztalatokra és anekdotikus bizonyítékokra való támaszkodása gyakran a placebo-hatással kapcsolatos aggodalmakhoz vezet. Számos tanulmány kimutatta, hogy a placebo-hatás jelentősen befolyásolhatja az egészségügyi eredményeket, így nehéz megkülönböztetni a homeopátiás szerek valódi hatását a placebo-választól.
A szabványosítás hiánya: A homeopátiás szerek nem rendelkeznek szabványosított gyártási folyamatokkal és előírásokkal. A különböző elkészítési módszerek, az összetevők forrásai és a hígítási arányok nagymértékben eltérhetnek a szakemberek között, ami a jogorvoslatok összetételének és hatásainak következetlenségéhez vezethet. Ez a változatosság megnehezíti a tudományos értékelést és az eredmények reprodukálhatóságát.
A feltételek összetettsége: A homeopátiát gyakran alkalmazzák krónikus és összetett betegségek esetén, ahol több tényező is befolyásolhatja az eredményt. Ez megnehezíti a homeopátiás szerek specifikus hatásainak elkülönítését más változóktól, például életmódtól, étrendtől, egyidejű terápiáktól vagy a tünetek természetes ingadozásától.
Korlátozott számú, jó minőségű tanulmányok: A rengeteg kutatás ellenére a homeopátiás gyógyszerekkel foglalkozó tanulmányok többsége jelentős módszertani hibákkal vagy torzítással rendelkezik, ami megnehezíti a végleges következtetések levonását. Szigorú, jól megtervezett és ellenőrzött vizsgálatokra van szükség ahhoz, hogy szilárd bizonyítékot nyújtsanak a homeopátiás szerek hatékonysága mellett vagy ellen.
A homeopátiás gyakorlatok heterogenitása: A homeopátia különféle megközelítéseket, technikákat és értelmezéseket foglal magában a szakemberek körében. Ez a heterogenitás megnehezíti olyan szabványosított vizsgálatok elvégzését, amelyek képesek megragadni a homeopátiás gyakorlatok és azok eredményeinek teljes spektrumát.
E kihívások miatt a tudományos közösség továbbra is megosztott a homeopátiás gyógyszerek hatékonyságát és érvényességét illetően. További kutatásokra és magas színvonalú klinikai vizsgálatokra van szükség a meggyőző bizonyítékok biztosításához és a homeopátiás kezelések valódi hatékonyságának meghatározásához.