A pilokarpin stimulálja a muszkarin kolinoreceptorokat a bélben, ami fokozott folyadék- és elektrolitkiválasztáshoz vezet a lumenbe. Ez hasmenést és hasi fájdalmat okozhat. Ezenkívül a pilokarpin növelheti a bél tónusát és mozgékonyságát is, ami hozzájárulhat ezekhez a hatásokhoz.
A pilokarpin bélre gyakorolt hatása jellemzően dózisfüggő, és az egyéntől függően változhat. Általánosságban elmondható, hogy a pilokarpint nem ajánlják gyomor-bélrendszeri betegségekben, például hasmenésben vagy hasi fájdalomban szenvedő betegeknél.