A lobotómia hatásai pusztítóak lehetnek. Ez azt eredményezheti, hogy az ember érzelmileg lapossá, apatikussá válik, és képtelen világosan gondolkodni vagy érvelni. Görcsrohamokat, inkontinenciát és beszédbeli nehézségeket is tapasztalhatnak. Egyes esetekben a lobotómia akár halálhoz is vezethet.
A lobotómia alkalmazása az elmúlt években jelentősen visszaesett, és ma már csak nagyon ritka esetekben alkalmazzák. A mentális betegségek kezelésére számos más, hatékonyabb kezelés létezik, amelyek nem járnak az agyszövet elpusztításával.