Enyhe esetekben előfordulhat, hogy a skizencefália nincs jelentős hatással a várható élettartamra. Az enyhe skizencefáliában szenvedő egyének normális intelligenciával és fejlettséggel rendelkezhetnek, és teljes és egészséges életet élhetnek. Egyes enyhe skizencefáliában szenvedő egyének azonban tanulási nehézségeket, görcsrohamokat vagy más neurológiai problémákat tapasztalhatnak.
Súlyos esetekben a skizencefália csecsemő- vagy kisgyermekkorban végzetes lehet. A súlyos szkizencefáliában szenvedő újszülötteknél súlyos agykárosodás és fejlődési késés léphet fel, és intenzív orvosi ellátást igényelhetnek. Egyes súlyos skizencefáliában szenvedő egyének felnőtté válhatnak, de élethosszig tartó orvosi támogatásra lehet szükségük.
A skizencefáliában szenvedő újszülöttek várható élettartamát egyéb egészségügyi problémák is befolyásolhatják. Például a skizencefáliában szenvedő újszülöttek, akiknek szívhibájuk vagy más súlyos egészségügyi problémájuk is van, rövidebb várható élettartammal rendelkeznek, mint azok, akiknek nincs más egészségügyi problémájuk.
Összességében a skizencefáliában szenvedő újszülöttek várható élettartama nagyon változó, és az állapot súlyosságától és bármely más egészségügyi probléma jelenlététől függ. Korai diagnózissal és megfelelő orvosi ellátással azonban sok skizencefáliában szenvedő egyén teljes és egészséges életet élhet.