Elektronmikroszkópia a leggyakoribb módszer. Ez a technika elektronsugarat használ a vírus részletes képének létrehozásához. Az elektronmikroszkóppal feltárható a vírus mérete, alakja és felületi jellemzői.
Negatív elszíneződés egy másik technika, amely a bakteriofágok megjelenítésére használható. Ez a technika magában foglalja a vírus festését nehézfémmel, például uranil-acetáttal. A nehézfém a vírus felületéhez kötődik, így világos háttér előtt sötétnek tűnik.
Fluoreszcens mikroszkópia bakteriofág megtekintésére is használható. Ez a technika magában foglalja a vírus fluoreszcens festékkel való megfestését. Amikor a vírust ultraibolya fénnyel világítják meg, a festék fluoreszkál, így a vírus láthatóvá válik.
Fágmegjelenítés egy olyan technika, amely specifikus fehérjéket expresszáló bakteriofágok megjelenítésére használható. Ez a technika magában foglalja egy érdeklődésre számot tartó fehérjét kódoló gén és egy bakteriofág köpenyfehérjét kódoló gén fuzionálását. Amikor a bakteriofág expresszálódik, a kérdéses fehérje megjelenik a vírus felületén. A fágmegjelenítés használható olyan fehérjék azonosítására, amelyek kölcsönhatásba lépnek specifikus receptorokkal vagy ligandumokkal.
A bakteriofágok sötétmezős mikroszkóppal is láthatók . Ez a technika egy kondenzátort használ, amely blokkolja a mikroszkóp közvetlen fényét, így csak a baktériumok által szórt vagy visszavert fény látható. Ez megkönnyítheti a bakteriofágok láthatóságát, amelyek általában nagyon kicsiek és átlátszóak.
A bakteriofágok fáziskontraszt mikroszkóppal is láthatók . Ez a technika speciális kondenzátort és objektívlencsét használ, amely lehetővé teszi a különböző anyagok törésmutatóiban mutatkozó különbségek megjelenítését. Ez megkönnyítheti a bakteriofágok észlelését, amelyek törésmutatója eltér a környező közegétől.